La historia gira en torno a un estudiante de primer año de la escuela media llamado Teiichi Niiya y de los acontecimientos sobrenaturales que envuelven a la Academia privada Seikyou construida 60 años atrás en la cima de una colina, a la cual se le atribuyen innumerables historias sobrenaturales. Un día mientras Teiichi recorre el viejo edificio de la academia se pierde en él, llegando al antiguo cuarto del club de investigación paranormal, allí conoce a una chica hermosa llamada Yuko Kanoe que le revela que en realidad es un fantasma sin recuerdos de su vida antes de morir, ni de los acontecimientos de su muerte. Teiichi entonces decide reabrir el club de investigación paranormal e investigar los acontecimientos de su muerte para que pueda recobrar la memoria y así pueda descansar en paz, mirando a través de los siete misterios de la escuela que giran en torno a Yuko. A lo largo de la historia, Teiichi y Yuuko descubren la verdad detrás de cada una de estas supuestas historias de fantasmas, mientras revelan poco a poco el pasado que envuelve a Yuko.